在豆制品生產(chǎn)過程中產(chǎn)生的廢水里，泡豆水中的雜質(zhì)比較多，而清洗設(shè)備所用的水可以進(jìn)行循環(huán)利用，大豆黃漿水中的可回收成分含量較高，所以對(duì)廢水綜合利用的研究對(duì)象主要是黃漿水。大豆黃漿水中含有大豆乳清蛋白、多肽、低聚糖以及異黃酮等有機(jī)成分，常用的處理廢水的方法是利用好氧或者厭氧的方法對(duì)廢水進(jìn)行消化使其達(dá)到污水排放標(biāo)準(zhǔn)后排放，這種處理方法雖然非常有效，但是處理廢水的工序比較復(fù)雜且需要一定的設(shè)備以及運(yùn)行成本，最后還得不到任何的回報(bào)，是十分不經(jīng)濟(jì)的。綜合處理豆制品廢水是回收利用其中的有效成分，并且在回收以后能明顯的降低廢水的 COD、可溶性固形物含量以及其他指標(biāo)，這樣做既有效地處理了廢水，又使得對(duì)豆制品廢水處理的投入有了回報(bào)，是一舉兩得的事情。

豆制品廢水中的成分和利用堿溶酸沉法生產(chǎn)大豆蛋白時(shí)所產(chǎn)生的大豆乳清廢水的成分極為相似，其主要成分都是水溶性好的糖和未沉淀的蛋白，處理豆制品廢水的方法也可以參考處理大豆乳清廢水的方法來進(jìn)行。大豆黃漿水盡管是高濃度的有機(jī)廢水，但是原料濃度增大可以提高處理的效率。

有人使用兩級(jí)納濾連接反滲透工藝模擬處理大豆乳清廢水，通過兩級(jí)納濾的透過液中不再含有大豆蛋白質(zhì)，溶液中大部分 NaCl 透過了納濾膜，這樣可以有效地對(duì)大豆乳清廢水進(jìn)行濃縮和除鹽，得到的納濾透過液可以通過反滲透來對(duì)其進(jìn)行脫鹽，并得到濃鹽水和 RO 水。還有人使用冷凍濃縮的方式處理豆腐廢水，通過三級(jí)冷凍濃縮可使豆腐廢水中可溶性固形物含量從1.9°Brix 提高到 15.5°Brix，在保留絕大部分功能性成分的前提下有效地對(duì)廢水進(jìn)行了濃縮。

豆制品廢水通過多級(jí)冷凍濃縮進(jìn)行預(yù)處理，可提高絕大部分功能性成分的保留效率。采用膜分離和絮凝等技術(shù)可以從豆制品廢水中分離大豆乳清蛋白、大豆低聚糖和大豆異黃酮等產(chǎn)物。向豆制品廢水中加入微生物所需的營養(yǎng)物質(zhì)再滅菌后可制成微生物培養(yǎng)液，用于培養(yǎng)微生物以獲得菌體或副產(chǎn)物。